Ασχολήθηκε με τη γεωργία, καλλιεργώντας τα λιγοστά κτήματα της πατρικής περιουσίας και ευκαιριακά ως οικοδόμος και τσαγκάρης. Αργότερα άνοιξε ένα χάνι, που ήταν ταυτόχρονα και παντοπωλείο. Παράλληλα, αναμίχθηκε στα κοινά της περιοχής και διετέλεσε μουχτάρης (κοινοτάρχης) στη Ρούλια.
Ανυπότακτο πνεύμα, έτρεφε μεγάλο μίσος για τους τούρκους κατακτητές, γι’ αυτό εντάχθηκε στη βουλγαρική «Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση» (VMRO), που διακήρυσσε τον αλυτρωτισμό της με το σύνθημα «Η Μακεδονία στους Μακεδόνες». Η ζωή του πήρε δραματική τροπή το 1898, όταν σκότωσε τον τούρκο μεγαλοτσιφλικά Κασίμ Μπέη, που καταδυνάστευε την περιοχή της Φλώρινας. Πήρε τα όρη και τα βουνά και κατέφυγε στο Βίτσι, όπου σχημάτισε τη δική του ένοπλη ομάδα.
Ο Καπετάν Κώττας γρήγορα αποστασιοποιήθηκε από τη VMRO, καθώς ήλθε σε ρήξη με τα τοπικά στελέχη της Τσακαλάρωφ και Κλιάσεφ. Τον θεωρούσαν πολύ υπερήφανο και ανεξάρτητο και πολλάκις προσπάθησαν να τον εξοντώσουν ως προδότη. Από τη διένεξη αυτή επωφελήθηκε ο μητροπολίτης Καστοριάς Γερμανός (Καραβαγγέλης), ο οποίος τον προσηλύτισε στην ελληνική ιδέα στις αρχές του 1902.
Ο Γερμανός ανέλαβε να συντηρεί την ομάδα του Κώτα και αυτός να υπερασπίζεται τα χωριά της περιοχής από τους βούλγαρους κομιτατζήδες και τους τούρκους. Παρά τη συμφωνία αυτή, ο Κώτας δεν έγινε ποτέ τυφλό όργανο του μητροπολίτη και πάντα διατηρούσε την ανεξαρτησία του, εκφράζοντας τον ελληνικότητά του με τον δικό του τρόπο.
Στις αρχές του 1904 ο Καπετάν Κώττας ήλθε στην Αθήνα και γνωρίστηκε με τον Παύλο Μελά, τον οποίο συνόδευσε στην πρώτη αποστολή στη Μακεδονία. Στις 9 Ιουνίου 1904, κατόπιν προδοσίας των παλιών του συντρόφων στο VMRO, συνελήφθη από τους Τούρκους και μεταφέρθηκε στις φυλακές του Μοναστηρίου (σημερινή Μπίτολα των Σκοπίων). Στις 27 Σεπτεμβρίου 1905, ύστερα από δίκη, εκτελέστηκε με απαγχονισμό, παρά τις προσπάθειες του ελληνικού προξενείου να τον απελευθερώσει με δωροδοκίες. Τελευταίες λέξεις του Καπετάν Κώστα μπροστά στην αγχόνη, «Ζήτω ο Ελληνισμός!» στα βουλγαρικά, καθώς τα ελληνικά του ήταν από φτωχά έως ανύπαρκτα.
Μετά την απελευθέρωση της Μακεδονίας, το χωριό του Ρούλια ονομάσθηκε στη μνήμη του Κώττας. Το 1960 στήθηκε επιβλητικός ανδριάντας του στην είσοδο της Φλώρινας, έργο του γλύπτη Δημήτριου Καλαμάρα.