Ο Κύρος, ο διεκδικητής του περσικού θρόνου, μόλις έμαθε πως τόσοι εμπειροπόλεμοι άνδρες ήταν κοντά στην Ασία, έστειλε πρέσβεις με 10.000 δαρεικούς (περσικά νομίσματα) ζητώντας του να μαζέψει κι άλλους άνδρες και να περάσει στην Ασία ώστε να το βοηθήσει να πάρει πίσω τον θρόνο από τον αδελφό του Αρταξέρξη. Ο Κλέαρχος συμφώνησε για τα χρήματα, αλλά και γιατί προτιμούσε να πολεμάει βαρβάρους παρά Έλληνες.
Οι Έλληνες πέρασαν τον Ελλήσποντο και πάτησαν στην γη της Μυσίας (αρχαία ονομασία της περιοχής απέναντι από την χερσόνησο της Καλλίπολης), από εκεί οι Πέρσες τους οδήγησαν στο εσωτερικό της Ασίας. Συναντήθηκαν με τον Κύρο και βάδιζαν μαζί με τον στρατό του. Στην πόλη Τυριάειον στα όρια της Λυκαονίας-Φρυγίας (περιοχή Ικονίου), η βασίλισσα των Κιλίκων Επύαξα (νότια ακτή της σημερινής Τουρκίας) ζήτησε από τον Κύρο να δει τους Έλληνες στρατιώτες πώς πολεμάνε και αν είναι άξιοι για τα λεφτά που παίρνουν. Ο Κύρος έδωσε εντολή στον Κλέαρχο να παρατάξει τους άνδρες του. Ο Κλέαρχος τους παρέταξε σε τετράδες. Ο Κλέαρχος παρατάχθηκε με τους άνδρες του στο αριστερό κέρας και ο Μένωνας ο Θεσσαλός στο δεξί. Οι Έλληνες φορούσαν τα χάλκινα κράνη τους και τους ολοπόρφυρους χιτώνες όπως οι Σπαρτιάτες και τις μεγάλες στρόγγυλες ασπίδες. Μόλις δόθηκε το σύνθημα εφόρμησαν σαν ένα τεράστιο κύμα. Τόση ήταν η αληθοφάνεια της επίθεσης που οι βάρβαροι άρχισαν να τρέχουν φωνάζοντας για βοήθεια. Η Επύαξα κόντεψε να πέσει από την αρμάμαξά της στην υποχώρηση. Έτσι οι Έλληνες απέδειξαν για μία ακόμη φορά πόσο καλύτεροι ήταν των βαρβάρων.
Η πορεία συνεχίστηκε στην Ασία μέχρι που έφτασαν στην Μεσοποταμία, περιμένοντας να φανεί ο Αρταξέρξης. Ο Κύρος είχε 100.000 Ασιάτες και Αιγύπτιους πεζούς χαμηλής μαχητικότητας,1.000 Παφλαγόνες ιππείς (περιοχή Πόντου) και 20 δρεπανηφόρα άρματα (είχαν προσαρμοσμένα στο εξωτερικό τμήμα των τροχών μεγάλες κυρτές λεπίδες που διαμέλιζαν ότι συναντούσαν στο διάβα τους). Όλες τις ελπίδες του όμως τις βάσιζε στους 10.400 βαριά οπλισμένους άνδρες της Ελληνικής φάλαγγας, καθώς και στους 2.500 Έλληνες πελταστές (πέλτη ήταν είδος μικρής ξύλινης ασπίδας που την είχαν ελαφρά οπλισμένοι είτε με ακόντια για να παρενοχλούν τον εχθρό είτε με σφενδόνες). Ο Κύρος παρέταξε τις δυνάμεις του από το πρωί της 3ης Σεπτεμβρίου του 401π.Χ. στην αριστερή όχθη του ποταμού Ευφράτη. Παρατάχθηκαν με τον ακόλουθο τρόπο, ο Κλέαρχος στο δεξιό κέρας της Ελληνικής φάλαγγας όπου πάντα ήταν ο αρχηγός της παράταξης μαζί με τους γενναιότερους άνδρες, στο κέντρο ο Πρόξενος ο Βοιωτός και στο αριστερό κέρας ο Μένωνας ο Θεσσαλός.
Δίπλα στην Ελληνική φάλαγγα από τα δεξιά παρατάχθηκαν οι πελταστές, στην άκρη οι 1.000 Παφλαγόνες ιππείς, στο κέντρο της παράταξης ο Κύρος με τους Ασιάτες πεζούς και 600 ιππείς της σωματοφυλακής του και στο αριστερό κέρας όλης της παράταξης Ασιάτες πεζοί και ιππείς που ήταν οι περισσότεροι. Περίμεναν όλο το πρωί, πέρασε το μεσημέρι και έφτασε το απόγευμα χωρίς ίχνος του στρατού του Αρταξέρξη. Αργά το απόγευμα φάνηκε στον ορίζοντα νέφος σκόνης από το πλήθος των πεζών και τον αλόγων που έρχονταν. Όλος ο στρατός λεγόταν ότι ήταν 900.000 με 1.200.000, αλλά οι πιο μετριοπαθείς υπολογισμοί τους κατεβάζουν στους 400.000 άνδρες που και πάλι ήταν πολλαπλάσιοι του στρατού του Κύρου. Τον συνόδευαν επίσης 6.000 ιππείς και 200 δρεπανηφόρα άρματα. Ο μεγαλειώδης στρατός του Αρταξέρξη ήταν χωρισμένος κατά έθνη σε τετράγωνα. Για να καταλάβουμε πόσο μεγάλος ήταν ο στρατός του Αρταξέρξη, το κέντρο του στρατού του είχε απέναντι του το αριστερό κέρας του Κύρου.
Οι Έλληνες πίσω από τις ασπίδες και με προτεταγμένα τα δόρατα περίμεναν να δοθεί το σύνθημα. Το σύνθημα με το οποίο συμφώνησε και ο Κύρος ήταν «Ζευς Σωτήρ και Νίκη». Οι δυο στρατοί απείχαν μόλις 3-4 στάδια (περίπου 600-800 μέτρα), όταν δόθηκε το σύνθημα για την επίθεση. Οι Έλληνες κινούνταν σαν να είναι ένα σώμα και έψαλλαν όλοι μαζί τον πολεμικό παιάνα στον Ενυάλιο Άρη. Προχωρούσαν όλο και πιο γρήγορα χτυπώντας ταυτόχρονα τις ασπίδες με τα δόρατά τους για να φοβίσουν τους βαρβάρους. Όταν η Ελληνική φάλαγγα έφτασε σε απόσταση βολής τόξου, άρχισαν να τρέχουν για να φύγουν. Οι Έλληνες τους κυνήγυσαν. Ο Κλέαρχος έδινε εντολές να μην διαλύσουν τις παρατάξεις τους, αλλά όλοι μαζί ενωμένοι να χτυπάνε.Το αριστερό κέρας του Αρταξέρξη διαλύθηκε πριν καν γίνει σύγκρουση, με τα τόσο υπερτιμημένα δρεπανηφόρα άρματα που τόσο τρόμαζαν τους βαρβάρους, γιατί τα άλογα που τα έσερναν αφηνίασαν και έτρεχαν χωρίς αναβάτες ανάμεσα στους βαρβάρους σακατεύοντάς τους. Όσα δε πήγαιναν προς την ελληνική φάλαγγα, οι Έλληνες άνοιγαν τις γραμμές τους και περνούσαν από μέσα χωρίς να κάνουν καμία ζημιά στη παράταξη. Οι Έλληνες κυνηγούσαν τους βαρβάρους χωρίς να σταματάνε λεπτό, είχαν διανύσει 30 στάδια (περίπου 6 χιλιόμετρα). Πίσω τους ο Κύρος είδε στο κέντρο τον Αρταξέρξη και όρμησε να τον χτυπήσει βρίσκοντάς τον χαμηλά στο στέρνο. Αλλά ένα ακόντιο ενός εχθρού τον βρήκε κάτω από το μάτι σωριάζοντάς τον κάτω από το άλογο του. Οι βάρβαροι κατέλαβαν το στρατόπεδο των Ελλήνων και το λεηλάτησαν, ο Κλέαρχος διέταξε τους Έλληνες να σταματήσουν την καταδίωξη και να γυρίσουν πίσω να βοηθήσουν τον Κύρο που κινδύνευε μην γνωρίζοντας ότι είχε σκοτωθεί. Οι Έλληνες παρότι ήταν κουρασμένοι από το τρέξιμο, γύρισαν γρήγορα το μέτωπό τους προς τα πίσω και επιτέθηκαν στον στρατό του Αρταξέρξη. Οι βάρβαροι υποχωρόντας κατέλαβαν ένα γήλοφο κοντά στο χωριό Κούναξα, οι Έλληνες τους επιτέθηκαν και χωρίς να δώσουν μάχη τους σκόρπισαν σαν να ήταν ένα άτακτο σώμα χωρίς ηγεσία. Είχε αρχίσει να νυχτώνει και μαζεύτηκαν στο στρατόπεδό τους για να γευματίσουν, αλλά δεν είχε μείνει τίποτε όρθιο. Τα είχαν λεηλατήσει όλα οι βάρβαροι. Μετά από λίγο καιρό έμαθαν ότι ο Κύρος είχε σκοτωθεί στην μάχη. Ο Τισσαφέρνης, ο σατράπης και το δεξί χέρι του Αρταξέρξη, τους ζήτησε να παραδώσουν τα όπλα τους και να φύγουν με την βοήθεια του βασιλιά. Κανείς δεν δέχτηκε γιατί ήξεραν ότι χωρίς τα όπλα τους ήταν χαμένοι. Ο Τισσαφέρνης κάλεσε όλους τους στρατηγούς και τους λοχαγούς στην σκηνή του για να συζητήσουν για το τι θα γίνει με τους Έλληνες. Όλοι έλεγαν πως ήταν παγίδα, αλλά ο Κλέαρχος σαν έντιμος που ήταν έδωσε πίστη στα λόγια του βασιλιά.
Ετοιμάστηκαν και πήγαν να συναντήσουν τον Τισσαφέρνη 5 στρατηγοί, 20 λοχαγοί και 200 στρατιώτες. Όταν ήταν μέσα στην σκηνή οι 5 στρατηγοί τους αιχμαλωτίστηκαν και όλους τους άλλους που ήταν έξω τους σκότωσαν. Οι 5 στρατηγοί αποκεφαλίστηκαν. Μόνο ένας στρατιώτης, ο Νίκανδρος ο Αρκάς, κατάφερε να ξεφύγει από τους Πέρσες και κρατώντας τα σπλάχνα του από την σκισμένη του κοιλιά κατάφερε να φτάσει στους υπόλοιπους Έλληνες και να αναφέρει τι συνέβη. Όταν αποκεφαλίστηκε ο Κλέαρχος ήταν 50 ετών.