Η γενοκτονία των Ελλήνων του Πόντου ιστορικά μπορεί να “χωριστεί” αδρά σε τρεις φάσεις. Η πρώτη υπήρξε κατά την διάρκεια του Α’ Παγκόσμιου Πολέμου (1914 -1916), η δεύτερη κράτησε από το 1916 έως 1918 και η τρίτη διήρκεσε από το 1918 έως το 1923. Ο Ποντιακός Ελληνισμός είχε πετύχει στα μέσα του 19ου αιώνα σημαντική άνθηση τόσο οικονομική όσο και πνευματική, αλλά και πληθυσμιακή. Την περίοδο εκείνη η οθωμανική αυτοκρατορία βρισκόταν σε παρακμή έχοντας ήδη χάσει από την περίοδο των βαλκανικών πολέμων τα εδάφη που είχε άλλοτε κατακτήσει στην Ευρώπη.
Όλη αυτή η φθίνουσα πορεία του Σουλτανάτου οδήγησε στο να εμφανιστεί το τεκτονικό κίνημα των Νεότουρκων το 1908 με φαινομενικά πιο φιλελεύθερες δημοκρατικές απόψεις, ενώ έναν χρόνο μετά την επικράτηση τους έδειξαν το τι επιδίωκαν πραγματικά. Αυτό που απέμεινε λοιπόν στους αγαρηνούς μετά την ήττα τους στα Βαλκάνια το 1913, ήταν να εξασφαλίσουν ότι δεν θα απειληθούν τα εδάφη που κατείχαν στην Ιωνία. Έτσι ξεκίνησε η σταδιακή γενοκτονία των γηγενών πληθυσμών της περιοχής.
Το πρώτο κύμα μαζικών διώξεων ξεκίνησε το 1915 όταν η Τουρκία δεχόταν πολεμικά πλήγματα από την Ρωσία. Εκεί προσπάθησε να αποδώσει ευθύνες στους Έλληνες που υπηρετούσαν στον οθωμανικό στρατό. Έτσι ξεκίνησαν τα τάγματα εργασίας με πολλούς Πόντιους να επαναστατούν και να καταφεύγουν στα βουνά. Στην επαρχία της Κερασούντας κάηκαν σχεδόν ενενήντα χωριά. Γύρω στους τριάντα χιλιάδες Έλληνες αναγκάστηκαν να διανύσουν πεζοί την πορεία προς την Άγκυρα. Ένα μεγάλο μέρος αυτών πέθανε κατά την διάρκεια της διαδρομής. Οι εκτοπίσεις συνεχίζονται όταν οι Ρώσοι εισέρχονται στην Τραπεζούντα το 1916. Με το πρόσχημα ότι οι Πόντιοι βοήθησαν τους Ρώσους, μεγάλο μέρος των κατοίκων της περιοχής εκτοπίστηκε. Επίσης πολλές γυναίκες υποχρεώθηκαν να εξισλαμιστούν. Όλο αυτό το κύμα διώξεων ώθησε τους Πόντιους να δημιουργήσουν αντάρτικες ομάδες ώστε να αντισταθούν.
Κατά την διάρκεια του Α’ Παγκοσμίου Πολέμου εξορίστηκαν συνολικά περισσότεροι από διακόσιες χιλιάδες Πόντιοι, ενώ ογδόντα χιλιάδες μετανάστευσαν στην Ρωσία. Λιγότερο έντονες ήταν οι διώξεις που υπέστησαν οι Έλληνες του ανατολικού Πόντου, στην περιοχή της Τραπεζούντας, κυρίως λόγω της ικανότητας του μητροπολίτη Χρύσανθου να συνδιαλέγεται με τις τοπικές αρχές, αλλά και από το γεγονός ότι από τον Απρίλιο του 1916 η περιοχή καταλήφθηκε από τον ρωσικό στρατό. Ωστόσο, μετά την επικράτηση των μπολσεβίκων και την ανατροπή του Τσάρου στην Ρωσία, υπογράφηκε η συνθήκη Μπρεστ – Λιτόφσκ, βάσει της οποίας οι σοβιετικοί τερμάτιζαν την εμπλοκή τους στον Α’ Παγκόσμιο Πόλεμο, συνομολογούσαν ειρήνη με τις Κεντρικές Δυνάμεις και αποχωρούσαν από τα προηγουμένως καταληφθέντα εδάφη του ανατολικού Πόντου. Η αποχώρηση, που ξεκίνησε τον Ιανουάριο του 1918 και ολοκληρώθηκε τον Φεβρουάριο, οδήγησε σε έξαρση των βιαιοπραγιών από Τούρκους άτακτους τσέτες σε βάρος των απροστάτευτων χριστιανικών πληθυσμών της περιοχής. Ταυτόχρονα οι σοβιετικοί εγκατέλειψαν τον εξοπλισμό και τα πολεμοφόδια τους, τα οποία περιήλθαν στα χέρια των ατάκτων οθωμανών.
Τα καθοριστικά γεγονότα που ακολούθησαν ήταν η απόσυρση του ρωσικού στρατού και η άφιξη του Κεμάλ Ατατούρκ. Με την άφιξη του το 1919 εντάθηκε η δράση των άτακτων τσετών. Στις 29 Μαΐου ο Κεμάλ αναθέτει στον Τοπάλ Οσμάν την επιχείρηση για μαζικό εκτοπισμό του τοπικού πληθυσμού. Σε σχεδόν τετρακόσια χωριά στην περιοχή της Τραπεζούντας πραγματοποιήθηκαν σφαγές. Το 1920 είχαμε μαζική εξόντωση έξι χιλιάδων Ποντίων στη περιοχή της Μπάφρας που έψαχναν καταφύγιο σε εκκλησίες της περιοχής. Το 1921 πολλοί άνθρωποι του πνεύματος καθώς και πολλοί προύχοντες συνελήφθηκαν και καταδικάστηκαν σε θάνατο από τα δικαστήρια που είχε στήσει ο Κεμάλ. Επίσης πολλά νέα παιδιά και κυρίως κοπέλες αρπάζονταν δια της βίας από τις οικογένειες τους και δίνονταν σε χαρέμια εύπορων Τούρκων.
Τα καταγεγραμμένα ιστορικά στοιχεία που αφορούν την γενοκτονία των Ελλήνων του Πόντου αναφέρουν περισσότερα από 350 χιλιάδες θύματα. Επίσης μεγάλος ήταν ο αριθμός αυτών που κατέφυγαν ως πρόσφυγες είτε στην Ελλάδα είτε σε άλλες χώρες της Ευρώπης.
