Πριν την άφιξη του Όθωνα στην Ελλάδα οι Μαυροκορδάτος και Κωλέττης (θεωρώντας τον Κολοκοτρώνη ως εμπόδιο στα σχέδιά τους για την κάλυψη των θέσεων εξουσίας) τον συκοφαντούσαν και έστειλαν επιστολή στο Μόναχο ότι δήθεν ετοιμάζει στράτευμα προκειμένου να μην επιτρέψει στον Όθωνα να πατήσει στην Ελλάδα. Όταν το αντιλήφθηκε αυτό ο Κολοκοτρώνης, έβαλε την στολή και την περικεφαλαία του και πήγε στο Ναύπλιο να υποδεχτεί τον Όθωνα και να υποβάλει τα σέβη του. Ύστερα έφυγε σε ένα αγρόκτημα που είχε έξω από την πόλη, όπως ο ίδιος γράφει:
Κατά την απολογία του, όταν ερωτάται τι επάγγελμα κάνει, αυτός απαντά:“Στρατιωτικός. Κρατάω 49 χρόνους στο χέρι το σουλντάδο (σ.σ.: ντουφέκι) και πολεμώ για την πατρίδα. Πολεμούσα νύχτα-μέρα για την πατρίδα. Πείνασα, δίψασα, δεν κοιμήθηκα μια ζωή. Είδα τους συγγενείς μου να πεθαίνουν, τ’ αδέρφια μου να τυραννιούνται και τα παιδιά μου να ξεψυχάνε μπροστά μου. Μα δεν δείλιασα. Πίστευα πως ο Θεός είχε βάλει την υπογραφή του για τη λευτεριά μας και πως δεν θα την έπαιρνε πίσω.”Ενώ σχετικά με τις κατηγορίες, τις αρνείται όλες.
Από τα πέντε μέλη της έδρας οι Δημήτριος Σούτσος, ∆. Βούλγαρης και Φωκάς Φραγκούλης είχαν πεισθεί για την καταδίκη του Κολοκοτρώνη και του Πλαπούτα, ενώ ο Αθανάσιος-Αναστάσιος Πολυζωίδης (ο οποίος ήταν και πρόεδρος της δίκης) και ο Γεώργιος Τερτσέτης τον θεωρούσαν αθώο. Ο Πολυζωίδης κατά την σύσκεψη των δικαστών λέει στους άλλους τρεις:
«Θεωρώ την απόφασή σας εντελώς άδικη. Δεν στηρίζεται σε αποδείξεις, αλλά σε ψευδέστατη βάση και αποτελεί προσβολή και αυτού του ιερού ονόματος της αλήθειας».
Οι τρεις δικαστές δεν άλλαξαν γνώμη και τον κάλεσαν να υπογράψει την καταδίκη. Αφού αυτός αρνήθηκε, ο υπουργός Δικαιοσύνης που ήταν παρών διέταξε τους χωροφύλακες να τον αρπάξουν και να τον ανεβάσουν στην έδρα. Ακόμα και εκεί αρνείται να αναγνώσει την καταδίκη και τότε ο υπουργός την δίνει να την διαβάσει ο γραμματέας. Η καταδίκη είχε υπερψηφιστεί με 3 ψήφους υπέρ και 2 κατά. Στο άκουσμα της καταδίκης σε θάνατο τόσο του Κολοκοτρώνη όσο και του Πλαπούτα ο Κολοκοτρώνης θα συνεχίσει να παίζει με το κομπολόι του και κάνει τον σταυρό του και λέει «Κύριε ελέησον. Μνήσθητί μου, Κύριε, όταν έλθεις εν τη βασιλεία σου».
Ωστόσο λόγω της αναταραχής που προκλήθηκε λσε όλο το Ναύπλιο, η ποινή τρεις μέρες μετά την δίκη άλλαξε σε 20 χρόνια φυλάκισης. Με την ενηλικίωση του Όθωνα όμως το 1835 ο βασιλιάς υπογράφει την αποφυλάκιση τόσο του Κολοκοτρώνη όσο και των άλλων αγωνιστών.