Ευθύς αμέσως μετά την αναθεώρηση της Συνθήκης του Αγίου Στεφάνου, οι φορείς του βουλγαρικού μεγαλοϊδεατισμού άρχισαν να προσανατολίζονται στην εκδήλωση ενός ένοπλου κινήματος κατά της Οθωμανικής κυριαρχίας. Η βουλγαρική «ΕΜΕΟ» σταδιακά μετεξελίχθηκε από προπαγανδιστικός φορέας σε συντονιστικό μηχανισμό, ο οποίος επιδόθηκε σε οργανωτική εργασία, καλλιεργώντας πρακτικές προϋποθέσεις για μια εξέγερση. Παρότι οι αναταραχές του 1902 δεν είχαν την έκταση και το αποτέλεσμα που προσδοκούσε η βουλγαρική πλευρά, η «ΕΜΕΟ» επέμεινε στην πρόταξη της δυναμικής τακτικής, σε μια προσπάθεια διεθνοποίησης του ζητήματος, ώστε να προκληθεί μια ουσιαστική παρέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων, σύμφωνα με τα βουλγαρικά συμφέροντα. Στις αρχές του 1903 βρίσκονταν στο εσωτερικό της Μακεδονίας τρεις χιλιάδες περίπου κομιτατζήδες, γεγονός που ενίσχυε την καχυποψία των Οθωμανικών Αρχών. Η κατάσταση οξύνθηκε τον Απρίλιο του 1903, όταν οι Βούλγαροι προέβησαν σε εκτεταμένες δολιοφθορές στην Θεσσαλονίκη. Ανατίναξαν μάλιστα και το γαλλικό ατμόπλοιο «Γουαδαλκιβίρ», το οποίο ήταν αγκυροβολημένο στο λιμάνι και εξαπέλυσαν ένοπλες επιθέσεις στο κέντρο της πόλης.
Τα γεγονότα αυτά είχαν διεθνή αντίκτυπο και αναμφίβολα ενίσχυσαν την προπαγάνδα της Βουλγαρίας στην Δύση. Εν τέλει, μετά από αλλεπάλληλες συσκέψεις, οι ηγέτες της «ΕΜΕΟ» αποφάσισαν να κηρυχθεί γενική επανάσταση στις 20 Ιουλίου του 1903. Υπό τη διοίκηση του Μπόρις Σαράφοφ τα ένοπλα σώματα των κομιτάτων επιτέθηκαν κατά τουρκικών φρουρών στην βορειοδυτική Μακεδονία, πυρπόλησαν ορισμένα μουσουλμανικά χωριά και κατηύθυναν την κύρια ενέργεια τους κατά του Κρουσόβου, εξοντώνοντας όλη την εκεί εδρεύουσα τουρκική δύναμη και ανατινάσσοντας το διοικητήριο. Ανακήρυξαν την περιοχή ελεύθερη, ονομάζοντάς την «Δημοκρατία του Κρουσόβου».
Ο Οθωμανικός Στρατός αντέδρασε γρήγορα και δυναμικά. Ως το τέλος του καλοκαιριού η Οθωμανική διοίκηση αποκαταστάθηκε σε όλη την δυτική Μακεδονία, χάρη στις επιτυχίες των τουρκικών στρατευμάτων που ανέλαβαν την καταστολή της εξέγερσης. Η δράση τους υπήρξε αδιάκριτη, σκληρή και θύματα τους αποτέλεσαν πρωτίστως ελληνικά χωριά και κωμοπόλεις. Ένα μεγάλο τουρκικό στρατιωτικό απόσπασμα, συνοδευόμενο από εκατοντάδες άτακτους, ανακατέλαβε το Κρούσοβο και το κατέστρεψε. Δεκάδες άλλα χωριά παραδόθηκαν στη φωτιά και τουλάχιστον δυόμισι χιλιάδες άμαχοι, στην πλειονότητα τους Έλληνες, κατεσφάγησαν.
Οι αποδεκατισμένες βουλγαρικές δυνάμεις επέστρεψαν στην χώρα τους, η εκδικητική μανία όμως των Τούρκων συνεχίσθηκε με θύματα τους ελληνικούς πληθυσμούς, παρόλο που δεν είχαν συμπράξει με τους Βούλγαρους στην εξέγερση του Ιουλίου. Οι θηριωδίες και οι βιαιότητες συνεχίστηκαν αμείωτες. Στις 7 Σεπτεμβρίου του 1903 εκτελέσθηκαν 35 Καστοριανοί και δυο ιερείς. Ανάλογες ωμότητες διαπράχθηκαν και σε άλλα σημεία. Περισσότερα από τριάντα χωριά καταστράφηκαν ολοσχερώς, ενώ δεκάδες χιλιάδες αγρότες έμειναν άστεγοι. Η σοδειά του θέρους καταστράφηκε, ενώ επτά χιλιάδες βουλγαρίζοντες εγκατέλειψαν τις εστίες τους, ακολουθώντας τα διαλυμένα ένοπλα βουλγαρικά σώματα που επέστρεφαν στην Βουλγαρία. Προβαίνοντας σε μια αξιολόγηση, η εξέγερση του Ιουλίου του 1903 μπορεί να χαρακτηρισθεί ως η κορύφωση της δράσης της «ΕΜΕΟ», η οποία σηματοδότησε την μετάβαση στην ανοικτή και ένοπλη σύγκρουση μεταξύ Ελλήνων και Βουλγάρων.
Η βουλγαρική, και μετέπειτα σκοπιανή ιστοριογραφία, ονόμασαν το κίνημα «εξέγερση του Ίλιντεν» (Ίλιντεν: η ημέρα του Ηλία), λόγω του ότι εκδηλώθηκε κατά την εορτή του Προφήτου Ηλία. Από την πλευρά της Βουλγαρίας, η εξέγερση αναβαθμίσθηκε σε επανάσταση, όπως και η προηγηθείσα στην Τζουμαγιά, ένα έτος νωρίτερα. Οι βουλγαρικές και βουλγαρίζουσες αγροτικές μάζες σαφώς συμμετείχαν στην εξέγερση του 1903, οι θεωρήσεις, όμως, της ελληνικής ιστοριογραφίας αντιμετωπίζουν με κριτική διάθεση το θέμα της συμμετοχής σλαβόφωνων και βλαχόφωνων Ελλήνων σε αυτήν, την οποία η βουλγαρική πλευρά έσπευσε να καπηλευθεί. Υπήρξαν βεβαίως, ενδείξεις περί βίαιης στρατολόγησης από τα κομιτάτα της περιοχής. Στόχος της «ΕΜΕΟ» ήταν αναμφίβολα η παρουσίαση του αντιτουρκικού αγώνα ως «παμμακεδονικού», με βουλγαρική όμως χροιά. Οι σλαβόφωνοι οπλαρχηγοί που συμμετείχαν στην εξέγερση, όπως ο Ζώης, ο Κύρου και ο Κώττας, αντιδρώντας στις προθέσεις των κομιτάτων και διαισθανόμενοι βουλγαρική υποκίνηση και εκμετάλλευση, διαχώρισαν έκτοτε την δράση τους, τασσόμενοι ανοιχτά υπέρ της Ελληνικής ιδέας.
Πάντως ο πολιτικός στόχος της Βουλγαρίας μερικώς επετεύχθη, παρότι η εξέγερση καταπνίγηκε. Τον Οκτώβριο του 1903 οι Μεγάλες Δυνάμεις πρότειναν νέες ρυθμίσεις στην Τουρκία, για να υπάρξει ηπιότερη μορφή διοίκησης εκ μέρους της στην Μακεδονία. Το σχέδιο του Μίρτστεγκ προέβλεπε επίσης την ύπαρξη δυο συμβούλων της Οθωμανικής διοίκησης, ενός Ρώσου και ενός Αυστριακού αντιστοίχως στην Μακεδονία. Το βασικό επακόλουθο πάντως, ήταν πως η εξέγερση του Ίλιντεν παγίωσε στην ευρωπαϊκή κοινή γνώμη την πεποίθηση πως στα Βαλκάνια υφίστατο το ζήτημα της Μακεδονίας και μάλιστα υπέρ των Βουλγάρων.
