Οι Μακεδόνες δεν θα μπορούσαν να απουσιάσουν από την Επανάσταση του Ελληνισμού το 1821 και συμμετείχαν σύσσωμοι στις μάχες εναντίον των Οθωμανών κατακτητών στην πατρογονική τους γη αλλά και στην Νότια Ελλάδα, όταν κατεστάλη η επανάσταση στην Μακεδονία. Ο βόρειος προμαχώνας του Ελληνισμού κατέβαλε βαρύ φόρο αίματος, γνωρίζοντας τις θηριωδίες των Τούρκων.
Ένα μαρτυρικό σημείο είναι αυτό στην Ιερισσό της Χαλκιδικής, το λεγόμενο «Μαύρου νιού τ’ αλώνι». Το 1821, την τρίτη ημέρα του Πάσχα, ο Μπαϊράμ πασάς με ισχυρές δυνάμεις παγίδευσε με δόλο τρεις χιλιάδες περίπου αγωνιστές και γυναικόπαιδα στη συγκεκριμένη θέση και τους έσφαξε όλους! Περήφανος ο Μπαϊράμ πασάς ανέφερε στο Σουλτάνο: «Αφού διαπεράσαμεν εν στόματι μαχαίρας τους απίστους τεσσαράκοντα δυο χωρίων… ηχμαλωτίσαμεν τες συζύγους και τα τέκνα αυτών και ελαφυραγωγήσαμεν τες πλούσιας περιουσίας αυτών, τα χωρία και στρατόπεδα αυτών παραδώσαμε εις τες φλόγας…».
Φυσικά από τις βαρβαρότητες των Τούρκων δεν ήταν δυνατόν να γλιτώσει η μητρόπολη της Μακεδονίας Θεσσαλονίκη. Σύμφωνα με το έργο του Ιωάννη Κ. Βασδραβέλλη «Οι Μακεδόνες εις τους υπέρ της ανεξαρτησίας αγώνας», το σύνθημα των σφαγών δεν άργησε να δοθεί και στην Θεσσαλονίκη. Μόλις εξοντώθηκε η τουρκική φρουρά στον Πολύγυρο Χαλκιδικής και η είδηση έφτασε στην Θεσσαλονίκη, το ίδιο βράδυ σφάχτηκαν στις φυλακές του διοικητηρίου οι μισοί από τους ομήρους που κρατούσαν οι Τούρκοι.
Ο μανιώδης όχλος, τον οποίον παρότρυναν οι επίσημες αρχές, ρίχτηκε στην καταστροφή και τη διαρπαγή με πρωτοφανή λύσσα. Η αγριότητα αυξάνει διαρκώς και σε δυο ημέρες φτάνει στο ύψιστο σημείο της. Η μανία του τουρκικού και εβραϊκού όχλου ανατρέπει τα πάντα και ο Ελληνισμός της μαρτυρικής αυτής πόλης καθίσταται έρμαιο της. Συλλαμβάνονται ο τοποτηρητής του μητροπολίτη Θεσσαλονίκης επίσκοπος Κίτρους Μελέτιος, οι δημογέροντες Χρ. Μπαλάνος, Γ. Πάικος, Χρ. Μενεξές, Στ. Πολύδωρος, Αν. Κυδωνιάτης, Αθ. Σκανδαλίδης, Κ. Τάττης, ο ιερέας του Αγίου Μηνά Παπαγιάννης κ. α., και δεμένοι οδηγούνται στην αγορά Καπάνι. Εκεί ο Γιουσούφ μπέης τους παρέδωσε στους δήμιους.
Ο επίσκοπος κατακρεουργήθηκε από τον μαινόμενο όχλο, μαζί με τον ιερέα Παπαγιάννη, που του έκοψαν τα χέρια και τα πόδια. Τον Μενεξέ τον κρέμασαν στον πλάτανο της πλατείας Αγίου Γεωργίου. Από τους άλλους Θεσσαλονικείς μάρτυρες ο Χρ. Μπαλάνος, πλουσιότατος και υπέροχος πατριώτης Φιλικός, ο Γ. Πάικος κ. α., εκτελέστηκαν άγρια στο Καπάνι. Έπειτα το κύμα του όχλου κατευθύνεται στη Μητρόπολη, μέσα στον αυλόγυρο της οποίας βρισκόταν δυο χιλιάδες περίπου Έλληνες. Εδώ επακολούθησε αγριότατη σφαγή, που υπερβαίνει τα όρια κάθε περιγραφής. Ελάχιστοι κατόρθωσαν να διαφύγουν από το φρικτό αυτό μαρτύριο.
Περισσότεροι των τριών χιλιάδων Ελλήνων της Θεσσαλονίκης υπολογίζεται ότι σφάχτηκαν κατά τις φοβερές εκείνες ημέρες της εθνικής δοκιμασίας. Η ζωή των Ελλήνων δεν είχε καμία αξία και οι περιουσίες τους αρπάχτηκαν η καταστράφηκαν.
Τραγικός τόπος μαρτυρίου στην Κεντρική Μακεδονία υπήρξε επίσης η ηρωική Νάουσα Ημαθίας, όπου ο Εμπού Λουμπούτ πασάς απαγχόνισε και έσφαξε πάνω από δυο χιλιάδες Έλληνες, οι γυναίκες και τα παιδιά τους αιχμαλωτίστηκαν και πουλήθηκαν ως δούλοι, οι περιουσίες τους διανεμήθηκαν στους Τούρκους στρατιώτες και τα σπίτια τους πυρπολήθησαν. Για τα τραγικά θύματα της Νάουσας ο τότε Γάλλος πρόξενος στη Θεσσαλονίκη, Πουκιεβίλ, γραφει: «Οι γυναίκες και τα παιδιά, που γλίτωσαν από την πρώτη αχαλίνωτη λύσσα των Τούρκων, σύρθηκαν στην αιχμαλωσία. Τα μάτια μας δεν αντέχουν στην καθημερινή θέα των ατυχών αυτών θυμάτων του πιο ειδεχθούς εγκλήματος.».
Ενώ συνεχίζει και καταγράφει τις θηριωδίες των κατακτητών: «Έπειτα ο Εμπού Λουμπούτ παρέδωσε στα βασανιστήρια τους προκρίτους της Βέροιας, από τους οποίους μόνο τριάντα τέσσερεις άντεξαν στα μαρτύρια με βραστό λάδι… Η Θεσσαλονίκη ήταν θέατρο βασάνων και σφαγών. Ο πασάς και οι Εβραίοι επεφύλαξαν την εξαιρετική επιτηδειότητα τους σε κακουργίες για τον βασανισμό των αιχμαλώτων γυναικών. Πολύ δίστασα να αναφέρω τα γεγονότα αυτά, αλλά η φωνή της αληθείας με υποχρεώνει να τα περιγράψω. Οι δυστυχείς εκείνες, στις οποίες επιβλήθηκε να απαρνηθούν τον Παντοδύναμο Θεό, υπέστησαν μαρτύρια, τα οποία φρικιώ, καθώς τα γράφω.». Ένας ακόμη αυτόπτης μάρτυρας περιγράφει το φοβερό σκλαβοπάζαρο της Θεσσαλονίκης ως εξής: «Στο Μποσνάκ Χάνι πωλούνταν ομαδικά τα αιχμάλωτα γυναικόπαιδα της Νάουσας, της Χαλκιδικής και άλλων μερών από 6 με 8 χιλιάδες γρόσια…».
